Oprócz atrakcyjności krajobrazowej, Pieniny cechuje zróżnicowana szata roślinna. Wpływają na to, między innymi, następujące czynniki:
- podłoże wapienne;
- zróżnicowana morfologia;
- specyficzny klimat;
- niepokrycie lodowcem podczas zlodowaceń w plejstocenie;
- stromość części stoków uniemożliwiająca rozrastanie się lasów;
- sąsiedztwo Tatr[7].
W Pieninach występuje 1100 gatunków roślin naczyniowych. Najbogatsza i najciekawsza jest flora Pienin Centralnych, w Pieninach Spiskich i Małych jest nieco uboższa i silniej zmieniona przez człowieka. Charakterystyczne jest bogactwo siedlisk – lasów, z których część jest dobrze naświetlona, a do części, w głębokich wąwozach słońce prawie nie zagląda; łąk kośnych; skałek, z których też część jest nasłoneczniona, a część bardzo wilgotna i ciemna. Również podłoże poza wapieniami budują łupki, mułowce, iłowce, lokalnie piaskowce, a w niektórych miejscach skały wulkaniczne wylewne – andezyty i bazalty. Zdecydowało to o przetrwaniu reliktów flory przed holoceńskiej (chryzantema Zawadzkiego, jałowiec sabiński, dębik ośmiopłatkowy), obecności gatunków i odmian endemicznych (mniszek pieniński, pszonak pieniński), roślin wysokogórskich i kserotermicznych oraz swoistych zespołów muraw naskalnych na południowych zboczach[3].
